Nadat koning Lodewijk Napoleon in 1809 de Onze Lieve Vrouwe kerk aan de katholieken toegewezen had, moest deze eerst worden opgeknapt. Pas in 1811 kon de eerste mis worden gelezen. Wellicht heeft een kabinetorgel uit de voormalige Steegjeskerk aanvankelijk dienst gedaan, daar orgelmaker J.A.Kuiper in 1811 tot twee keer toe is betaald voor "gedane reparatiën" door het kerkbestuur.

In 1812 werd het orgel van de Observantenkirche uit Münster gekocht. Dit orgel werd gebouwd door Nicolaus Brunswick in 1697 in een kas die werd vervaardigd door kloosterlingen. De Fransiscanerorde had zelf kloosterlingen, die als timmerlieden, schrijnwerkers en altaarbouwers het interieur van hun eigen kerken maakten. Als gevolg van de Franse Revolutie kwam deze kloosterkerk met klooster leeg te staan in 1797. De in Münster werkzame professor Kistenmaker had familiebanden in Zwolle. Zodoende hoorde hij van de Onze Lieve Vrouwe kerk die een nieuw orgel zocht. Hij schreef een brief naar pastoor Johan Vitus Meijer en bemiddelde bij de aankoop.
Het orgel met kas werd overgeplaatst per schip door  bemiddeling van Melchior Vornweg, die het orgel in de periode 1797-1798 nog gerepareerd had. Hij demonteerde het orgel en adviseerde het kerkbestuur over de plaatsing in Zwolle. Zij stuurden hem een plattegrond van de kerk. Vanwege de plaatsing op een orgelgalerij moest het instrument een grote wijziging ondergaan. Vornweg bekeek de situatie in Zwolle en zorgde voor het transport. In verband met de oorlogshandelingen samenhangend met de Franse Revolutie, kon het orgel pas in de zomer 1812 worden vervoerd per schip en kwam via de Vecht in Zwolle aan.
Eind 1812 werd de vergunning door de Maire (burgemeester) van Zwolle afgegeven om in de toren een zolder te maken voor de windvoorziening.
De opdracht om het orgel op te bouwen werd Vornweg  niet gegund.
Deze ging naar Rudolph Knol(1759-1818). Deze orgelbouwer was vanaf 1806 gevestigd te Hasselt waar hij later het grote orgel van de St.-Stefanus-kerk zou bouwen (1818). De opdracht in de Onze Lieve Vrouwe kerk kostte het kerkbestuur f 561.12.- De werkzaamheden liepen van februari tot november 1813.
In 1815 verplaatste Knoll het orgel van de voormalige Koesteegstatie naar de O.L.V. kerk. Mogelijk had het grote orgel te lijden gehad onder de torenbrand van 11 januari 1815.
In 1817 voerde Georg Heinrich Quellhorst (1770-1836) uit Oldenzaal wijzigingen of uitbreidingen uit voor het aanzienlijke bedrag van f 2029.19.  Dit hoge bedrag doet vermoeden dat de aard der werkzaamheden meer waren dan alleen onderhoud. Helaas is over de aard van de werkzaamheden niets meer bekend. Quellhorst bouwde ook een nieuw instrument voor de Bethlehemkerk in 1826. Dit werk werd bij de keuring door de organist van de Grote Kerk Sicco Hempenius afgekeurd en door Scheuer en Hempenius afgemaakt.
In 1822 werkt Nicolaas Anthonie Lohmann uit Groningen aan het orgel. Het kreeg een grote schoonmaakbeurt. Het pijpwerk werd afgenomen, hersteld waar nodig, herplaatst en opnieuw geïntoneerd. Tevens werd de gelijkzwevende stemming aangebracht waarbij alle pijpen een plaats opgeschoven werden. Quellhorst werkte daarvoor nog met de oude kamertoon. Door het  opschuiven ontbrak het groot C van elk register. Het voorstel van Lohmann om deze bij te maken werd niet opgevolgd. Pas in 1868 zou Pieter Maarschalkerweerd dit doen.
Lohmann werkte tevens aan de orgels van de nog in gebruik zijnde staties 'Onder de Bogen' en de statie in 'de Hoornsteeg’.
Van 1824 tot 1849 werd het onderhoud verzorgd door de toen in Zwolle woonachtige Johan Christoff Scheuer (1776-1854). Hij stemde het orgel jaarlijks voor f 60,-
In 1832 breidde Scheuer het pedaal uit met een Clairon 4'. Hij veranderde de fluit d'amour.
Van zijn hand is ook het orgel van de Broerenkerk in Zwolle (1824).

In 1850 vond een restauratie plaats door C.F.A.Naber uit Deventer en werd de kas opnieuw geschilderd. Uit onderzoek blijkt dat er in de kas verschillende beschilderingen  zijn te herkennen. De achterkant van het positieffront is roze. De rest is in bruin geschilderd. Dit zou kunnen wijzen op invoeging van het rugwerkfront in de hoofdkas. Wellicht had het orgel in Münster nog een Rugwerk. Ook de ornamenten  zoals een klarinet aan de voorkant  wijzen op latere toevoegingen. De klarinet was in 1697 nog niet uitgevonden. Ook de zaagtand-versiering, de lange pijpenvelden tussen pedaaltorens en positief en de vreemd geplaatste zuilen onder de pedaaltorens en de ingewerkte zuilen met Ionische  kapitelen wijzen op een latere toevoeging.